不同種的咖啡，其咖啡樹的起源與普及的路徑不同。
阿拉比卡種原本是衣索比亞的野生種。6-9世紀左右被當作飲料的原料送到葉門。後來有人把種子帶出來，1699年荷蘭東印度公司把種子送到印尼的爪哇島，在那兒栽種成功。由這批咖啡種子栽種出來的咖啡樹於1706年從爪哇島運到阿姆斯特丹的植物園繼續栽培，培育出的咖啡苗，則於1713年致贈給法王路易十四。這就是中南美咖啡的起源。
1720年左右，法國海軍軍官狄克魯（Gabriel de Clieu）將原本種植於巴黎植物園的咖啡樹苗帶往赴任地馬丁尼克島（Martinique）：經歷了航海的艱辛後，成功栽種出咖啡樹。後來再傳入其他加勒比海國家，進而推廣到中南美各國。由這個起源普及的品種是帝比卡。現在巴黎植物園和阿姆斯特丹植物園已經沒有當時的咖啡樹，不過阿姆斯特丹植物園的研究員表示，馬丁尼克島上的老咖啡樹依舊存在。
阿拉比卡種的普及路徑還有另外一條。1717年（也有說是1715年），法國人從葉門帶到波旁島（現在的留尼旺島）的阿拉比卡種中，有些在當地發生突變，後來移植到原英屬東非（現在的肯亞、坦尚尼亞），再引進中南美洲。透過這條路徑普及的品種是波旁種。
另一方面，剛果種的歷史較短，進入十九世紀之後才在維多利亞湖（跨肯亞、坦尚尼亞、烏干達的非洲最大湖泊）西邊被發現。1860年代到1880年-阿拉比卡種因為流行病而大受打擊，不過剛果種較耐疾病這一點獲得肯定，此後急速引進各國。一般認為1898年從英國皇家植物園（Royal Botanic Gardens，Kew）被送到新加坡，千里達（Republic of Trinidad and Tobago）的是最早栽種的副剛果種咖啡。之後，剛果種咖啡在熱帶地區普及，1900年從比利時引進爪哇島。
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